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Microbiote: Le rôle essentiel de la flore intestinale

la qualité de la flore intestinale semble à l’origine de certaines maladies. Pourquoi, quand, comment? Peut-on agir à ce niveau? Ces questions représentent un défi pour la médecine  de demain.

Nous ne sommes pas seuls dans notre corps! Dans nos intestins, se nichent en effet 100 000 milliards de bactéries, soit 10 à 100 fois le nombre de cellules dans notre organisme. Dit autrement, chacun d’entre nous est constitué, selon l’estimation la plus basse, à 90% de bactéries et à seulement 10% de cellules humaines! Composée de 800 à 1000  espèces bactériennes différentes, cette flore intestinale, que les scientifiques appellent microbiote intestinale constitue un véritable écosystème dans lequel chaque bactérie occupe une niche  et une fonction particulières. Mais les scientifiques commencent  à peine à en débloquer les secrets.

Tout débute à la naissance

Avant la naissance, l’intestin du foetus est stérile: il ne contient encore aucune autre bactérie. C’est au cours de l’accouchement que le bébé  acquiert ses premières bactéries, principalement d’origine maternelle. “Nos parents ne nous transmettent pas seulement leurs gènes, on hérite aussi de leur microbiote”, résume Rémy Burcelin, responsable d’une équipe de recherche à l’I2MC. Au fil des semaines, puis des mois, le microbiote de bébé se complexifie sous l’influence de son environnement et de son alimentation. Les bébés allaités présentent d’ailleurs souvent une flore plus riche que ceux nourris au biberon. Et lorsque d’autres aliments que le lait sont introduits, ils favorisent l’émergence de nouvelles bactéries.

… Et s’affine avec l’alimentation

“Après l’héritage parental, l’alimentation est le second facteur qui influence le plus le microbiote intestinal, explique notre expert. Ceux qui mangent gras favorisent le développement dans leur intestin de bactéries adaptées aux aliments gras. Et les japonais qui consomment beaucoup de poissons, présentent dans leur microbiote des bactéries communes avec les poissons!” Les scientifiques estiment que, vers l’âge de 3 ans, le microbiote est quasi définitif. Même si des modifications ont encore lieu plus tard, notamment lors des changements hormonaux: puberté, grossesse, ménopause.

Un rôle protecteur mieux cerné

Les bactéries que nous hébergeons dans notre intestin ne sont pas de simples squateurs. Elles participent au bon fonctionnement de notre organisme. Elles nous aident en effet à digérer certains aliments que nous ne pouvons assimiler nous-mêmes, nous protègent des bactéries pathogènes et éduquent notre système immunitaire. Une flore intestinale riche et diversifiée est donc garante de notre bonne santé.

On découvre peu à peu son importance

Un nombre croissant d’études montre qu’un déséquilibre de la flore intestinale, appelé dysbiose, peut être à l’origine de pathologies. Pouvant même toucher des organes très éloignés des intestins.

La flore régule l’action des bactéries pathogènes

Les bactéries intestinales empêchent l’installation de bactéries pathogènes. “Les bébés nés par césarienne sont souvent plus sujets aux maladies infectieuses dans les premiers mois de leur vie, indique Joël Doré, directeur de rechercher à l’Inra. Et il est possible que ce soit dû à une construction plus tardive de leur microbiote intestinal.” Quant aux antibiotiques, ils peuvent avoir l’effet inverse de celui recherché: en détruisant la flore intestinale, ils laissent le champ libre à la prolifération de bactéries pathogènes, souvent plus résistantes aux antibiotiques. C’est ainsi que les infections nosocomiales ne sont pas toujours dues à une bactérie attrapée dans le centre hospitalier. “Elles peuvent être causées par une bactérie déjà présente, en faible quantité, dans l’organisme qui, lorsque la flore intestinale est endommagée, trouve l’opportunité de se développer, explique notre spécialiste. Ainsi, on sait qu’une part  importante des colites dues à la bactérie Clostridium difficile est associée  à la prise d’antibiotiques.”

Elle peut éloigner les risques de diabète et d’obésité

Grâce à de nouvelles techniques il est désormais possible de compter le nombre de gènes des bactéries de notre microbiote. “Chez la majorité d’entre nous, ces gènes bactériens sont au nombre de 600 000 environ. Mais nous avons découvert qu’une personne sur quatre présente un microbiote appauvri, avec seulement 400 000 gènes. Or, parmi ces personnes pauvres en gènes bactériens, on compte un plus grand nombre d’obèses, souligne Dusko Ehrlich, directeur de recherche émérite à l’Inra. Sur les neuf ans qu’a duré notre étude, les obèses pauvres en gènes bactériens ont pris davantage de poids que les obèses riches en gènes. Et ce sont eux qui répondent le moins bien à l’intervention nutritionnelle visant à leur faire perdre du poids.” L’action de certaines bactéries sur une absorption alimentaire plus ou moins importante pourrait expliquer ce phénomène.

“Dans notre laboratoire, nous avons également montré que des bactéries présentes dans le microbiote sont capables d’induire un mécanisme qui diminue l’action de l’insuline et favorise ainsi le développement du diabète”, souligne Rémy Burcelin.

Elle participe à la construction de l’immunité

“Depuis longtemps, on sait que les animaux élevés dans des conditions stériles sont immunodéprimés”, affirme Joël Doré. Les bactéries qui ont colonisé notre intestin participent donc à l’éducation de système immunitaire, en le stimulant mais aussi en le régulant. “Le système immunitaire est constitué  de plusieurs composantes, dont l’une est dite régulatrice. Celle-ci permet le retour à la normale qui est responsable des troubles allergiques, explique Bruno Pot, de l’Institut Pasteur. Or, le microbiote intestinal participe à la mise en place de cette composante régulatrice. Des études ont montré qu’une dysbiose pouvait être à l’origine  de manifestations allergiques comme l’asthme ou l’eczéma.” L’une d’entre elles a, par exemple, mis en évidence une diversité plus faible du microbiote intestinal chez des nouveaux-nés âgés d’une semaine ayant plus tard présenté un eczéma par rapport aux nouveaux-nés restés en bonne santé.

Elle agit sur le fonctionnement du cerveau

En 2010, une étude a montré que le nombre de bactéries du genre Desulfovibrio retrouvées dans les selles d’enfants autistes était 8,6 fois plus importants que dans celles d’enfants non malades. Une autre avait, quant à elle, montré un nombre plus important de bactéries du genre Clostridium. Ces deux bactéries ont un point commun: elles produisent un grand nombre de toxines qui, une fois libérées dans le sang, atteignent le cerveau et pourraient impacter son développement, au point d’être l’un des facteurs impliqués dans la maladie autistique. D’autres chercheurs ont également montré que les bactéries intestinales produisent des molécules capables d’agir sur l’activité des neurones intestinaux, lesquels sont reliés au cerveau via le nerf vague. Et c’est par ce biais que notre flore intestinale pourrait influer sur notre réponse au stress et notre état d’anxiété! En transférant la flore intestinale de souris calmes dans l’intestin de souris anxieuses (ou inversement), des scientifiques sont ainsi parvenus à changer leur comportement.

Elle protège des maladies cardiovasculaires

L’obésité et le diabète constituent des facteurs de risques majeurs des maladies cardiovasculaires. Or, si des bactéries qui composent la flore intestinale sont impliquées dans la survenue de l’obésité, elles jouent donc, indirectement, un rôle dans le risque cardiovasculaire.

Mais il est aussi possible que le lien soit plus direct. “Plusieurs équipes de chercheurs ont découvert que l’on  retrouvait les mêmes bactéries dans la bouche et dans les plaques d’athérome, ces dépôts qui se forment dans les vaisseaux sanguins et sont responsables des maladies coronariennes. Il n’est donc pas exclu que des bactéries intestinales soient également présentes dans ces plaques et influent sur leur caractère inflammatoire”, précise Karine Clément. Ce médecin chercheur coordonne justement MetaCardis, un projet de recherche européen visant à mesurer la flore intestinale chez des patients au cours de l’évolution de leur maladie cardiométabolique.

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